Antipatie nekatolíků vůči
bratrstvům měla několik zdrojů. Protestanti samozřejmě považovali za nepřijatelné již kulty svatých a Panny
Marie, které většina bratrstev pěstovala. Teoretické kořeny jejich odporu však byly složitější. Poprvé je
zformoval ve spisku Sermon von dem hochwürdigen Sakrament des heiligen wahren Leichnams Christi und von
den Brüderschaften z roku 1519 sám Martin Luther. Vůči tehdejším bratrstvům měl morální i teologické
výhrady. Především upozorňoval na morální zpustlost těchto institucí, vyčítal jim pořádání hostin a pitek, kterým
se věnují více než Bohu. "Bylo by mnohem lepší, kdyby na světě nebylo žádné bratrstvo, pak by byl takový zlořád
odstraněn," volá rozhořčený reformátor a upozorňuje na to, že bratrstva v této podobě jen urážejí Boha. Dále
odmítal elitářství těchto společenství, které vede k tomu, že se jejich členové považují za něco lepšího a jsou
přesvědčeni, že již samo členství jim zaručuje u Boha přednost před ostatními lidmi. Luther kladl do protikladu
celé křesťanské společenství jakožto bratrstvo všech řádných věřících křesťanů spojených v Kristu a náboženská
bratrstva se všemi jejich chybami a nedostatky.5)
Lutherovo stanovisko k bratrstvům bylo sice kritické a odmítavé, vycházelo však z představy, že tyto instituce
bude možné - jako celou církev - reformovat, že z nich mohou vzniknout společenství, která by byla prospěšná
všem křesťanům. Měla by se tedy zaměřit na sociální otázky, hlavně na skutky milosrdenství, na podporu
chudých a na školství. Tyto představy však ve větší míře realizovány nebyly a reformace nakonec dospěla k
jednoznačnému zavržení katolických bratrstev.