Roku 1567 zemřel opat Martin III. a zaniká tak želivský konvent v Jihlavě. Obnovy se dočkal 1590 díky strahovskému opatovi Janu Lohelovi.
Od roku 1599 pak statek často měnil majitele. Roku 1623 Marie Magdalena Trčková prodala statek strahovskému klášteru, tudíž opat strahovský byl zároveň opatem želivským. Zpustlý chrám se tak dočkal svého obnovení.
Roku 1643 v Želivu existovalo opět samostatné opatství, klášter měl vlastního preláta, jenž snášel útrapy při obléhání švédskými vojsky 1645-46. Poté se opět začal rozvíjet řeholní život.
Roku 1712 shořel klášter i s kostelem, ale do osmi let byl obnoven.
V klášteře též existovalo soukromé gymnázium, jež bylo 1885 předáno státní správě.
Klášter vychoval řadu kvalitních učitelů, také hudebníky a spisovatele.
Klášterním znakem je čtyřdílný štít. V prvním a čtvrtém červeném poli se nachází dvě stříbrné dvojzubé vztyčené vidlice, ve druhém a třetím modrém poli jsou dva zlaté klíče křížem přeložené, uprostřed štítku se skví malý stříbrný štítek s černým jednohlavým orlem a iniciálami zakladatelů S. A. (Soběslav a Adléta).